多肽分子结构预测模块

多肽分子结构预测模块，基于精确的量子化学计算与完备的构象搜索法，获得肽分子系综，具有可靠完备的特点。能量范围广，包含10kacl/mol 范围内的完备构象。与其他方法相比，优势体现在：1.低能范围完备，理化性质计算准确。2. 高能区不遗漏，因此功能构象不缺失，更适合研究生化催化等问题。

使用方法

prothod init pepsearch

该命令会新建 Prothod 输入配置文件 option.txt 和 peptide_list 输入文件

.  # 输入的目录结构
├── option.txt
└── peptide_list

在 peptide_list 文件中写入要计算的氨基酸序列，如：

在 option.txt 文件中指定运行参数

#! The cookbook meta informations that you would cook (无需修改)
cookbook = 'pepsearch'
description = 'Batch perform structure search for peptide'

# 修改此行提交命令，ls_sub 后面跟的参数依次代表队列名，使用节点个数，每个节点使用核数。
run = 'ls_sub test 1 20 ./.default_script'

[option]
# 是否自动清除中间过程文件（ true / false ）
clean = true

执行 prothod run 即可即可提交计算。

运行结果

每个目录下面是计算获得的肽分子结构，例如

uni_xyz_list.txt 与 dihedral_angles_list2 两个文件分别存储每个结构的能量与二面角，例如

其中第一列是文件名，第二列是能量（原子单位），第三列是偶极矩，第五列是能量顺序，第七列是相对能量（偶极矩）

二面角文件

第一列文件名与uni_xyz_list.txt对应，从第三列开始是二面角，第1至2*N+1个二面角是主链二面角，其余为侧链二面角。