Prothod 系统使用¶
本章节介绍 Prothod 系统的使用和基本概念，实操可以直接进入 功能模块 部分。
基本使用¶
命令工具¶
为了查看和使用 Prothod 的功能以及模块，Prothod 提供以下命令行工具。基本格式是 ：
prothod 子命令 [子命令参数]
这些是 prothod 子命令1：
| 子命令 | 功能 |
|---|---|
| ls | 列出提供的功能模块的名称和说明 |
| init | 接模块名，为选定的模块创建默认初始输入配置文件 |
| fastboot | 接模块名，为所选模块的快速交互式生成初始输入配置文件（部分模块支持） |
| gen | 校验输入文件并生成 Recipe 流程文件但不提交 |
| sub | 提交以执行实际计算 |
| run | 直接运行“option.txt”中的“run”命令。（对于特殊模块） |
使用 prothod 的常规步骤是：ls（查看可选模块） -> init（为指定模块准备输入文件）->（修改选项 option.txt）-> gen/sub/run （执行前检查或直接提交执行）
模块¶
ls 命令可以查看有哪些模块提供。目前包括量化计算，结构预测等模块，如果想快速以实例进行了解，可以直接进入 功能模块 部分进行阅读和使用。内容包括详细的模块说明和使用手册。
选定模块后，用 init 命令生成一份模块的初始输入文件。一般是 option.txt 选项文件。如果模块需要用户提供的初始结构文件等输入文件则是放在 start 文件夹内。
了解模块功能，准备好 option.txt 和按需的 start 文件夹后，即可提交执行。
选项文件¶
下面是一个选项文件的例子：
option.txt
#! Meta informations for this computation (Don't change it)
cookbook = 'qm'
description = 'Perform a computation using quantum chemistry software'
[compute]
[[compute.step]]
# 选择软件: ( Gaussian / ORCA / DFTB )
soft = 'Gaussian'
# 计算用的方法基组等参数
keyword_line = "# HF/3-21G*"
[option]
# 是否自动清除计算中间过程文件? ( true / false )
clean = true
将指定调用 qm 量化计算模块进行计算，配置参数中指定了使用 Gaussian 软件，用 HF 方法 3-21G* 基组进行单点能计算，该模块还需要用户提供批量的分子初始结构放在 start 文件夹内。
执行计算¶
一般的，准备好输入文件后，使用命令格式
prothod sub test 2 20 # 提交队列名，使用节点个数，每个节点使用核数
对于一些特别的模块（如多肽结构预测），使用
prothod run
结果¶
结果一般在 result 文件夹内。例如上述量化计算的结果将会是针对用户提供的初始构型计算单点能后的 out 文件。
计算时会有中间过程文件生成，设置 clean = true 可在计算完成后自动清除。
概念详解¶
Prothod 是按照模块（或称 cookbook 工作流预设）来组织的，您可以使用模块来一键化执行预设的功能。
Prothod 的模块是一台带有参数的 输入 -> 答案 的全自动求解机器。
模块使用“option.txt”文件作为输入选项参数配置文件。根据模块不同，用户可能还需要准备初始构型等输入文件。
工作方式¶
Prothod 可帮助用户创建指定模块输入选项文件option.txt，其内容一般包含本次任务的参数和全局选项等可修改的选项。
编辑确认好输入文件后，即可使用 sub 命令或者 run 命令执行该模块的计算，等待并获得计算结果。
小结¶
以上介绍了 Prothod 的基本概念和使用方法，Prothod 通过模块（cookbook）实现多种功能，而模块的用法一般是一个
cookbook[option.txt start] -> result
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分别是 list, initialize, generate, submit 等单词的缩写 ↩