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Getting started

软件简介

该软件为多肽分子结构预测软件,基于精确的量子化学计算与完备的构象搜索法,获得肽分子系综,具有可靠完备的特点。能量范围广,包含10kacl/mol 范围内的完备构象。与其他方法相比,优势体现在:1.低能范围完备,理化性质计算准确。2. 高能区不遗漏,因此功能构象不缺失,更适合研究生化催化等问题。

下载安装

下载安装包 http://files.snquantum.com/releases/prothod-INSTALL

在 Linux 命令行下运行

chmod +x prothod-INSTALL
./prothod-INSTALL

即可安装 Prothod, 然后配置 g09, orca, dftb 等计算软件即可使用。

使用方法

建立名为segment_list的文件,在文件中写入要计算的氨基酸序列,如:

img

~/mybin/pbs_test 拷贝到当前目录下,然后输入然后运行

ls_sub longopa 7 28 ./pbs_test 

即可提交计算,第一个参数代表队列名,第二位参数代表节点个数,第三个参数代表每个节点使用核数。

运行结果

img

每个目录下面是计算获得的肽分子结构,例如

img

执行ls *.out > list; mout-xyz list 回车,获得每个分子的原子坐标文件,例如:

img

uni_xyz_list.txtdihedral_angles_list2 两个文件分别存储每个结构的能量与二面角,例如

img

其中第一列是文件名,第二列是能量(原子单位),第三列是偶极矩,第五列是能量顺序,第七列是相对能量(偶极矩)

二面角文件

img

第一列文件名与uni_xyz_list.txt对应,从第三列开始是二面角,第1至2*N+1个二面角是主链二面角,其余为侧链二面角。